Mikrobiyota dengesinin bozulması (disbiyozis), IBS, Crohn, ülseratif kolit, obezite, diyabet, alerjiler, otoimmün hastalıklar, depresyon ve Alzheimer gibi birçok kronik hastalıkla ilişkilidir.
Mikrobiyotanın dengelenmesi, bu hastalıklarda hem koruyucu hem de iyileştirici etki gösterebilir.

