Bağırsak Mikrobiyom Analizlerinde Moleküler Genetik Yöntemler – 24.01.2019

“İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) ile insan sağlığında çok önemli bir rolü olan mikrobiyal flora detaylı olarak incelenmiş ve karakterize edilmiştir. Günümüzde artık geleneksel dışkı testlerini gelişmiş moleküler genetik yöntemlerle tamamlamak ve bu sayede bağırsak mikrobiyotasının ileri analizini yapmak mümkün olabilmektedir.

Son yıllarda geliştirilen dizileme teknolojileri ile okyanuslar, atık sular, insan vücudu vb. ortamlardaki mikrobiyolojik toplulukları kapsamlı bir şekilde araştırmak mümkün olmuştur. Dünya üzerinde yaklaşık 1030 mikrobiyal hücre topluluğu olduğu tahmin edilmektedir. İnsan vücudunda ise yaklaşık 100 trilyon mikroorganizma konaklamaktadır (1). Çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virüs ve protozoaları içeren bu populasyon insan hücrelerinden 1O kat fazla mikrobiyal hücre ve insan genomundan 150 kat fazla gen içerir. Bedenimizi paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu bu ekolojik topluluğa “mikrobiyota” denmektedir. “Mikrobiyom” ise bu çevrede yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanmaktadır (2).

Bakterilerin fonksiyonları ve karakteristik özellikleri genomlarında kodlanmıştır. Günümüzde geleneksel dışkı testlerini, gelişmiş moleküler genetik analizlerle tamamlayarak, bağırsak mikrobiyotasındaki çok sayıda aerop ve anaerop bakterinin özelliklerini ve metabolik ilişkili gruplarını tanımlamak mümkün olabilmektedir (3).

“İnsan Genom Projesi”nin (Human Genome Project) devamı olan “İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) çalışması 2007 yılında başlatılmıştır. Bu proje ile hem sağlıklı hem de hasta insanların mikrofloralarındaki mikroorganizmaların tespit edilmesi ve özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2008 yılında insan mikrobiyomu tanımlanmış, dökümente edilmiş ve moleküler seviyede referans veritabanı oluşturulmuştur (4).

İnsan mikrobiyotası deri, genitoüriner sistem, solunum sistemi ve en çok da gastrointestinal sistemde kolonize olmuştur. Gastrointestinal sistem yaklaşık 200m² yüzey alanı ve mikroorganizmalar için zengin besin öğeleri içermesi sebebi ile vücudumuzdaki en zengin mikroorganizma topluluğunu barındırmaktadır. Mikrobiyom analizleri bağırsak florası birleşiminin sekans karşılaştırmalarının yapılmasını sağlamış, sağlıklı kişilerde olması gereken bakteri türleri belirlenmiştir (5).

E.coli, Enterococcus, Bifidobacterium ve Lactobacilli türleri bağırsak mikrobiyotasının önemli bir kısmını kapsamakta ve rutin kültür yöntemleriyle tanımlanabilmektedir. Ancak mikrobiyotada var olduğunu bildiğimiz geniş bir anaerop bakteri grubunu kültürle saptamak, oldukça zahmetli yöntemler gerektirmekte, çoğu zaman mümkün olmamaktadır. Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila gibi anaerop bakteriler, konvansiyonel yöntemlerle saptanamadığı halde mikrobiyotanın en geniş populasyonunu oluşturan ve temel metabolik yeteneklerden sorumlu olan türlerdir.

Moleküler-genetik bir teknik olan DNA dizileme yöntemi ile klinik örneklerdeki bakteri genomları saptanabilir. Proses boyunca, özellikle bakterilerden gelen sinyaller kaydedilir. Elimizdeki örnekte kaç farklı bakteri genomu olduğu ise 16S rRNA sekanslamayla gösterilir. Böylece bakteriyel biyoçeşitlilik analiz edilir (3). Resim 2. de test prosedürü görülmektedir.

 

 

Resim 2 . (Keller ve ark. ) Mikrobiyom analizinde 16S rRNA dizileme yöntemi. (Dışkı örneklerinden mikrobiyom DNA’sı izole edilir ve PCR ile çoğaltılır. Daha sonra, DNA dizileme işlemi gerçekleştirilir. Elde edilen çok sayıda veri özelleşmiş bilgisayar programları aracılığıyla değerlendirilir. Gen dizilemeleri referans genomlarla karşılaştırılarak  bakteriler  doğru  olarak tanımlanır.)

“İnsan Mikrobiyom Projesi’ veri tabanına  dayanarak yapılan gastrointestinal mikrobiyom analizi 250 parametre içermektedir. Tüm doğrulanabilir türler ve  jenerik grupların sonuçları dikkate alınarak bakteri çeşitliliği belirlenir. Bakteri çeşitliliğinin çokluğu sağlıklı kişilerde endojen enfeksiyonlara karşı koruyucu kabul edilir. Ancak genellikle tekrarlayan antibiyotik kullanımı sonrası ya da çeşitli hastalıklara bağlı olarak bu çeşitlilik azalır. Bu tür durumlarda patojen bakteri, virüs, mantar gibi fırsatçı organizmalar kolayca çoğalabilir (4).

ENTEROTİP KLASİFİKASYONU

İntestinal mikrobiyom analizleri  sonucunda  insan bağırsak florasında yerleşik 3 ana enterotip belirlenmiştir. Enterotipler beslenme alışkanlıklarına bağlı değişmekle birlikte baskın olarak Bacteriodes, Prevotella ve Ruminococcus türlerinden oluşmaktadır. Tipik metabolik özelliklere göre enterotipin hangi bakteri grubunu içerdiği ayırt edilebilmektedir.

Enterotip 1 Bacteriodes,

Enterotip 2 Prevotella,

Enterotip 3 ise Ruminococcus populasyonlarının baskınlığı ile karakterizedir (6).

BAKTERİ KANTİTASYONU

Kişisel farklılıkları göstermek ve klasik kültür yöntemlerini desteklemek amacıyla kantitatif PCR yöntemi  kullanılır. Bu yöntem spesifik problar aracılığı ile kişilerin intestinal mikrobiyatasındaki bakterileri tür ve miktar olarak saptar. Böylelikle standart data verileri referans alınarak, farklılıkları belirlemek ve teropatik önlemler için bireysel tavsiyelerde bulunmak mümkün olabilir. Mikrobiyom analizinde, filum cinsi bakteriler  olan  Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Akkermansia muciniphila, nadiren Fusobacterium’ ların kompozisyonu dikkate alınır. Bu taksonomik sınıflandırmaya göre tipik klinik paternler tanımlanır. Örneğin Firmicutes/Bacteroidetes oranı artması ya da Proteobacterium’ların dominant olması çeşitli klinik farklılıklar yaratır (7).

Sık rastlanan, önemli türlerin baskınlığına bağlı olarak değişen metabolik özellikler Tablo 1. de tanımlanmıştır.

Dışkıdaki moleküler-genetik analizler intestinal mikrobiyom çeşitliliklerini saptamayı ve probiyotik ve prebiyotik tedavilerinin temellerini belirlemeyi mümkün kılmıştır. Bu yeni yöntemle intestinal mikrofloranın kişilere göre değişiklikleri saptanabilir, kişilerin ihtiyaç duyduğu özelleşmiş terapiler belirlenebilir. Crohn hastalığı, ülseratif kolit gibi intestinal inflamatuar hastalığı olanlara, ya da antibiyotiğe bağlı diare gelişen kişilere başarıyla yardımcı olabilen prebiyotik-probiyotik kombinasyonları geliştirilmiştir (8).

 

Tablo 1 . İntestinal mikrobiyotada sık rastlanan bakteriler ve değişken metabolik özellikler . *Butirik asit üreten bakteriler * *Musin üreten bakteriler

Günümüzde çok gelişmiş olan dizileme yöntemi ile kişisel intestinal mikrobiyota hakkında geniş bir moleküler genetik analiz yapılmakta, ayrıca pankreatik  elastaz,  safra  asitleri,  kalprotektin, alfa 1 antitripsin ve slgA gibi parametreler iredelenmektedir.

Sonuç olarak, kolay ve ekonomik yollarla bağırsak mikrobiyomu tayin edilebilmektedir. Kişisel bağırsak mikrobiyatasının tanımlanması ile birlikte ise kişiye özel tavsiye ve tedavi yaklaşımları mümkün olmaktadır (3, 7).

Kaynaklar:

  1. The Human Microbiome Project Consortium. A framework for human microbiome research. Natur.2012;486(7402):215-21.
  2. Turnbaugh, P.J.; Ley, R.E.; Hamady, M.; Fraser- Liggett, C.M.; Knight, R.; Gordon, J.I. (2007). “The Human Microbiome Project”. Nature 449: 804–810.
  3. Mandal, S. et al.: Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. In: MEHD 26, S. 27663-27670, 2015
  4. The NIH HMP Working Group et al: The NIH Human Microbiome Project. In: Genome Res. 19, S.2317-2323, 2009.
  5. Bull M.J., Plummer N.T.. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. In: IntegrativeMedicine: A Clinician’s Journal 13(6), S. 17-22, 2014
  6. Arumugam, M. et al.: Enterotypes of the human gut microbiome. In: Nature 473(7346), S. 174-180,2011
  7. 19. Keller, P.M. et al.: 16S-rRNA-Gen-basierte Identifikation bakterieller Infektionen. BIOspektrum S.755- 759, 2010
  8. 20. Scott, K. P. et al. Manipulating the gut microbiota to maintain health and treat disease. In: Microbial Ecology in Health and Disease, 26, S. 25877-25977, 2015

FARMAKOGENETİK DNA PANELİ

Tedavinize en uygun ilacın seçimi, Optimal dozun belirlenmesi, Tedavide etkinliğin artırılması, İlaç yan etki risklerinin azaltılması için…

Kişiye Özel Tedavi ve Farmakogenetik Testler

Klasik ilaç tedavi yöntemleriyle her ilacın herbireyde farklı tedavi sonuçları ve farklı yan etkiler oluşturabilmesi hepimizin bildiği ve yaşadığı bir gerçektir.

Birey olarak her birimizin genetik yapısı ve dolayısı ile ilaçlara vereceğimiz yanıt parmak izimiz gibi farklıdır. Bugün Genetik ve Tıp  biliminin geldiği noktada artık her bireyin kişisel genetik yapısı ve ilaçlara vereceği  farklı yanıtları rutin olarak ölçebilmekteyiz.

İlaç- gen Testi, diğer adıyla Farmakogenetik Testler, her bireyin kendi genetik profilinin analizi ile kendisine en uygun ilaçların ve en uygun dozların seçimini, birlikte kullanılan ilaçların da etkileşimini belirlemekte ve kişiye özel bir tedavi mümkün olmaktadır.

Farmakogenetik Testler ile sizin genetik yapınıza ve metabolizmanıza uymayacak  ilaçların kullanılması, etkisiz sonuçlar, zaman kayıpları ve olası yan etki riskleri de önlenebilmektedir.

Dünyada klasik ilaç seçimi ve tedavi yöntemleri yanında Farmakogenetik Testleri de düzenli kullanmaya başlayan merkezler ve hekimlerin oranı henüz  yaklaşık %2’dir ve laboratuvarımız bu öncü merkezlerden birisidir. Hekiminiz, Farmakogenetik Test sonuçlarınızla birlikte, yaşınız, kullandığınız ilaçlar, diğer sağlık verileriniz ve yaşam şeklinizi de değerlendirerek sizin için en uygun ‘kişiye özel tedavi’ seçimini yapacaktır.

Amerika Birleşik Devletleri’nde sağlık otoritesi FDA ve Avrupa’da sağlık otoritesi EMA en sık kullanılan ve ülkemizde de bulunan yüzlerce ilacın prospektüsünde Farmakogenetik bilgi ve özel uyarılar bulunmasını zorunlu kılmaktadır.

Bu ilaçlarla tedaviye başlanırken kişinin genotipine özel doz ayarlaması, klinik yanıt varyasyonları ve yan etki risklerinin belirlenebilmesi için Farmakogenetik test yapılması istenmektedir.

Her hastayı aynı doz ilaç ile tedavi etmek yerine, farmakogenetik test ile belirlenmiş, kişiye özel doz ile tedavi yapıldığında tedavi etkinliği artmakta, yan etki sıklığı azalmaktadır.

“Farmakogenetik DNA Paneli, Avrupa Farmakogenetik Derneği Başkanı Prof. Dr. Ron van Schaik tarafından Rotterdam’da Erasmus Üniversitesi’nde kurulan laboratuvarda yapılmaktadır.”

Test uygulaması kolay ve hızlıdır;

  1. Ağız içinden / yanaktan küçük bir fırça ile epitel örneği alınır. Bu yöntemde İğne uygulaması ve kan örneği yoktur.
  2. Alınan örnek özel bir koruyucu içeren kitine yerleştirilir.
  3. Güvenlik barkodları ile korumaya alınır ve uygun şartlarda laboratuvara iletilir.
  4. Kişisel Genetik konsültasyon içeren sonuç kısa bir sürede hekiminize ve size gönderilir.

Yeni Bir Metabolik Organ: “İntestinal Mikrobiyota” – 23.01.2019

Doğduğumuz andan itibaren vücudumuzda bize eşlik eden çok sayıda mikroorganizma mevcuttur. İnsan vücudu, çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virüs ve protozoaları içeren mikrobiyal populasyon barındırmaktadır. Bakteriler genellikle hastalık yapıcı patojenler olarak bilinmektedir. Oysa ki insanlar bakterilerle simbiyotik bir denge içinde yaşamaktadır. Sağlıklı kalmamız için bakterilere ve onların faydalı etkilerine gereksinimimiz olduğu unutulmamalıdır.

 

İnsan vücudunda çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virus ve protozoonları içeren farklı birçok mikrobiyal populasyon konaklamaktadır. Bu populasyon insan hücrelerinden 10 kat fazla mikrobiyal hücre ve insan genomundan 150 kat fazla gen içerir. Bedenimizi paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu bu ekolojik topluluğa “mikrobiyota” denmektedir. “Mikrobiyom” ise bu çevrede yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanmaktadır. (1)

İnsan mikrobiyotası deri, genitoüriner sistem, solunum sistemi ve en çok da gastrointestinal sistemde kolonize olmuştur. Gastrointestinal sistem yaklaşık 200m² yüzey alanı ve mikroorganizmalar için zengin besin öğeleri içermesi sebebi ile vücudumuzdaki en zengin mikroorganizma topluluğunu barındırmaktadır. Sağlıklı bireylerde mikrobiyota çok sayıda ve çeşitli mikroorganizmaları içerir. Doğumdan hemen sonra oluşmaya başlar. Beslenme, genetik, yaş ve yaşanılan coğrafi bölgeye göre değişiklik gösterir. Bakteri sayısı ağızda 10⁹ ml/tükrük, midede 102-4g/materyal iken, kolonda 10¹¹ g/materyal, dışkıda ise 10¹² g/materyaldir. Bebeklerde doğum şekli, beslenme şekli, genetik faktörler mikrobiyotayı etkiler. Enfeksiyonlar, antibiyotik kullanımı gibi tedavi uygulamaları sonrası bağırsak mikrobiyotası değişebilir (2).

Diyet içeriği intestinal floranın değişiminde önemli rol oynamaktadır. Lifli gıdalardan zengin beslenme, Eubacterium rectale, Eubacterium halli, Rumicoccus bromii gibi Firmicutes cinsi bakterilerin çoğalmasını kolaylaştırmaktadır (Resim 1).

 

 

Resim 1: Beslenmenin intestinal mikrobiyota üzerine etkisi (Flint ve ark .) WK : Buğday içeren gıda BS : Lif içeren gıda EW: Protein içeren gıda

İntestinal mikrobiyota; vücudumuzda fizyolojik, metabolik ve immun sistem üzerinde oldukça kompleks ve aktif görevler üstlenmektedir. Bağırsak bakterileri enerji taşıyıcı rolü üstlenerek veya immun modüle edici maddeleri serbest bırakarak gerekli metabolik süreçleri kontrol eder. Bu nedenle intestinal mikrobiyota günümüzde yeni bir “metabolik organ” olarak tanımlanmaktadır (3).

Kommensal bağırsak bakterileri;

• Sindirilemeyen besinleri parçalayarak vücuda yararlı hale getirir.

• Kompleks karbonhidrat ve liflerin sindirimini destekler.

• Patojenik bakterilerin çoğalmasını engeller.

• B1, B2, B6, B12 ve K vitaminlerinin üretimine katkıda bulunur.

• Toksin ve atıkların detoksifikasyonuna katkıda bulunur.

• Gıdalarla alınan karbonhidrat ve proteinleri fermente ederek laktik asit, butirik asit, asetik asit gibi kısa zincirli yağ asitlerine ve hidrojen, karbondioksit gibi gazlara dönüştürürler.

• Kısa zincirli yağ asitleri barsak mukoza hücreleri için enerji kaynağıdır.

• Kısa zincirli yağ asitleri intestinal peristaltizmin uygun gerçekleşmesine katkıda bulunur.

• Butirat, Nükleer Faktör Kappa (Faktör NF-kB) transkripsiyonunu ve IL-8 üretimini inaktive ederek güçlü bir anti-inflamatuar etkinlik sağlar. Firmicutes cinsi bakterilerin, özellikle Faecalibacterium prausnitzii ‘nin butirat üretiminde en etkin rolü oynadığı kabul edilmektedir. Bu bakteriler , bağırsak florasının % 5-15’ini oluşturur. Alfa 1 antitripsin, kalprotektin gibi akut faz reaktanı proteinler intestinal mukozada inflamatuar iritasyondan sorumludur.

F. prausnitzii azalması inflamasyon derecesinde artışla korelasyon gösterir.

• Sağlıklı kişilerde kolon epitel hücreleri koruyucu mukoza tabakasıyla örtülüdür. Verrucomicrobia cinsi bakteriler , özellikle Akkermansia muciniphila goblet hücrelerinden mukoza üretimini destekleyerek immun modulasyona katkıda bulunur. Mukoza tabakası hasara uğradığında ya da musin üretimi yetersiz kaldığında patojen, kirletici ve alerjen maddeler doğrudan mukozal hücrelerle temas eder ve inflamasyona neden olur. (4,5)

DİSBİYOZİS

Kronik gastrointestinal hastalıklar, antibiyotik kullanımı gibi nedenlerle bağırsak mikrobiyotası değişebilir. İntestinal mikrobiyota dengesinde bozukluk “disbiyozis” olarak tanımlanmaktadır. Mikrobiyota dengesinde bozulma olduğunda bağırsak geçirgenliğinde artma, kısa zincirli yağ asitleri üretiminde değişme, kolon rezistansında azalma olduğu gösterilmiştir. Firmicutes suşlarında azalma ve Salmonella, Shigella, Klebsiella, Proteus, Escherichia coli gibi Proteobacteria türlerinin artışı, çeşitli hastalıklarla ilişkilendirilmektedir.

Sülfat tüketen bakteriler, hidrojen sülfit (H2S) üretimine yol açarak bağırsak hastalıklarının gelişimine zemin hazırlarlar. H2S intestinal epitelde hasar yapan, buna bağlı olarak hücresel atipiye yol açan toksik bir metabolik üründür. Bilophilia wadworthii, Desulfomonas pigra ve Desulfovibrio piger türleri H2S üretiminde önemli rol oynayan bakterilerdir. Zorunlu anaerob olan Clostridium türleri, immun modulatif etkileri ve IL-10 üretimini arttırmaları sebebiyle patojenik etkileri olan bakterilerdir. Özellikle Clostridium cinsi bakterilerin toksin üreten kökenleri otistik spektrumlu hastalarda saptanmakta, sıklıkla intestinal ve ekstra­ intestinal otistik yakınmalara yol açmaktadır.

Solunum yolu mukozasında bulunan vepatojen olarak bilinen Haemophilus ve Fusobacteria türleri de bağırsaklarda saptanabilmektedir. Araştırmalar bu patojenik türlerin kronik inflamatuar bağırsak hastalıkları, kolorektal karsinomlar ve apandisit ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Dışkıda yapılan moleküler-genetik araştırmalar arttıkça, bu ilişki daha iyi tanımlanacaktır (6,7).

DİSBİYOZİSİN KLİNİK SEMPTOMLARLA İLİŞKİSİ

İntestinal mikrobiyotanın ayrıntılı analizleriyle oldukça değerli sonuçlar elde edilmiştir. Bağırsak flora populasyonunun ideal organizasyonu, sağlıklı fizyolojik yaşamın ana unsurlarındandır. İntestinal mikrobiyota kişisel olarak tanımlandığında, artmış ya da azalmış kökenlerin varlığına göre diyet düzenlenmes, uygun prebiyotik probiyotiklerin kullanımı gibi çözümler uygulanabilir.

1. Obezite ve Metabolik Sendrom

Sağlıklı kişilerde genellikle Firmicutes/Bacteroidetes oranı 1:1 ile 1:3 oranında değişir. Kilolu kişilerde ise bu oran 3:1 den 25:1 e kadar değişir. Bazı yüksek kilolu kişilerde 200:1 oranına ulaştığı gösterilmiştir (8 ,9).

Obezitenin bir diğer sonucu da firmicute genusuna ait olan Faecalibacterium prausnitzii miktarındaki belirgin azalmadır. F.prausnitzii barsak florasında en sık rastlanan 3 bakteriden biridir. Butirat üretir. Butirat barsak mukozasının gelişimini destekler. Butirik asit tuzları Faktör NF-kB’ nin transkripsiyonunu inhibe eder ek  kemokin ve lnterlökin 8 salınımını engeller.  Obezlerde,  hsCRP ve lnterlökin 6 seviyeleri belirgin artmış , aynı zamanda F.prausnitzii miktarı azalmıştır. Bu hastalarda F.prausnitzii miktarı arttırıldığında mukoza korunabilir ve inflamatuar reaksiyonlar azaltılabilir (4).

Goblet hücrelerinden üretilen mukus yapımına katkıda bulunan A.muciniphila türleri de fazla kilolu kişilerde sıklıkla azalmıştır. Mukus, intestinal epitel hücrelerinin üzerini örterek kimyasal ve mekanik etkilerden koruyan bir bariyer oluşturur. Yüksek yağlı diyetle beslenen kişilerde Akkermansia muciniphila miktarının belirgin olarak azaldığı gösterilmiştir. Bu kişilerin diyetine olligosakkaritler içeren prebiyotikler eklenerek bakteri sayısı kısmen arttırılabilir. Hayvan deneylerinde A. muchiniphila desteğinin kilo vermeye, mukoza tabakası gelişimine, açlık kan glukozu ve insülin direncini azaltmaya olumlu etkileri gösterilmiştir. İnsanlar üzerinde de benzer sonuçlar elde edildiği bildirilmektedir (10).

2. İntestinal İnflamasyon

İrritabl bağırsak sendromu, pek çok kişide rastlanan, yaygın, uzun süreli ve ataklarla kendini gösteren bir klinik tablodur. Son çalışmalarda irritabl kolon yakınmaları ve Crohn hastalığı olan kişilerde F. prausnitzii miktarının yaklaşık %30 oranında azaldığı gösterilmiştir. F. prausnitzii türlerinin anti inflamatuar etkisi olan butirat üretiminde en önemli rolü oynadığı ve butiratın Faktör NF-kB ve IL-8 üzerindeki inhibitör etkisi düşünüldüğünde, bu azalma mukoza üzerindeki anti inflamatuar etkiyi olumsuz yönde etkilemektedir (4,6)

Crohn hastalığı tanısı yeni konulmuş çocukların yaklaşık %70’inde Campylobacter türleri izole edilmektedir. Bu sebeple dışkıda Campylobacter türleri izole edildiğinde probiyotik verilmesinin patojenik bakterileri azaltacağı yönünde tartışmalar giderek artmaktadır (11).

“Aşırı geçirgen bağırsak sendromu (leaky gut syndrome)” intestinal mikrobiyota ile yakından ilişkili olduğu öne sürülen bir klinik paterndir. Bu kişilerde A. muchinophilia ve F. prausnitzii miktarları azalmıştrı. Bağırsak hücreleri yan yana dizilmiş tuğlalar gibidir. Aralarında da tuğlalar arasındaki çimento diyebileceğimiz “sıkı bağlantılar” vardır. Böylelikle istenmeyen maddeler buradan bağırsağın dışına (yani vücudun içine) geçemezler, bağırsak içinde kalarak kalınbağırsaktan atılırlar. Bağırsak hücrelerinin şeklinin ve hücreler arasındaki bağlantının sağlıklı olması için hücrelerin gergin durması gerekir, bu da bağırsakların gergin durmak için yeterli enerjisi olduğunda gerçekleşir. F. prausnitzii türleri besinlerle alınan polisakkaritleri kullanarak kısa zincirli yağ asidi oluştururlar. Kısa zincirli yağ asitlerinden de enerji üretilir. Bağırsağın hemen dış yüzeyinde, bağırsaktan geçen maddeleri inceleyen bağışıklık sistemi hücreleri vardır. Bağırsaktan aşırı bir geçiş olduğu zaman bu bağışıklık sistemi hücreleri aktifleşirler ve bir reaksiyon başlatırlar ama bu reaksiyon hastalık oluşturmayacak kadar azdır.

Buna düşük düzeyli inflamasyon denir. Düşük düzeyli inflamasyon, bağırsak geçirgenliği devam ettiği sürece bitmez, bu da uzun zamanda vücudun bütün enerjisinin bağışıklık sistemi hücreleri tarafından kullanılmasına sebep olur. Dolayısıyla ihtiyacı olan diğer organlara yeterli enerji gidemez ve bu organlarda bazı problemler oluşmaya başlar. Aşırı geçirgen bağırsak sendromunun bir diğer kötü yanı da içeri giren istenmeyen maddelerin vücudun zayıf olan dokularına giderek orada birikmesi ve uzun süreçte bağışıklık sisteminin bu dokulara saldırması ile otoimmün hastalıklara sebep olmasıdır (12,13).

3. İntestinal Tümörler ve İntestinal Kanserler

Diğer bilinen kanserojen etkilerin yanı sıra asitler, özellikle hidrojen sülfat atipik hücre gelişimini arttırır, mukoza iritasyonu yaparak kolorektal kanser yatkınlığına neden olur. Sülfat üreten bakteriler Desulfomonas piger, Desulfovibrio piger ve H2S üreten Clostridium türleridir. Dışkı mikrobiyom analizinde sülfat üreten bakterilerde sayıca artış görüldüğünde pro-prebiyotik terapileri uygulanabilir.

İntestinal tümörlerde de intestinal mikrobiyotanın değiştiği gösterilmiştir. Bu kişilerde sıklıkla F. prausnitzii miktarı saptanamayacak kadar azalmıştır (13).

4. Artrit

Romatoid artritli hastaların intestinal mikrobiyomlarında hastalığın gelişimi ve progresyonuna paralel olacak şekilde bakteriyel dengesizlikler saptanmaktadır . Örneğin Prevotella copri bağırsak mikroflorasında fizyolojik sınırlarda yer aldığında bağışıklık ve sindirim sistemi için yararlıdır. Ancak romatoid artritli hastalarda Prevotella copri ve diğer prevotella türlerinin miktarının çok arttığı saptandığı bildirilmektedir. Bu durumun diğer yararlı bakterilerin üremelerini ve fonksiyonlarını gerçekleştirmelerini engellediği öne sürülmektedir (14).

5. Otizm

Otizmde genetik faktörler büyük rol oynar. Bununla beraber başka pek çok faktör de hastalık gelişimine sebep olabilmektedir. Otistik spektrumu içeren klinik yakınmalara pek çok bağırsak hastalığı da eşlik etmektedir. Çalışmalar antibiyotik kullanımının sadece bağırsak şikayetlerini kolaylaştırmakla kalmadığını, otizmin diğer semptomlarında da artışa yol açtığını göstermektedir. İntestinal mikrofloranın beyin- barsak ekseni üzerinden, beyin gelişimine de katkıda bulunduğu öne sürülmektedir. Bağırsak biyoçeşitliliğinin bozulmasının otizm gelişimine yol açmasının yanı sıra, semptomların şiddetini de arttırdığı bildirilmektedir. Otizmli çocuklarda toksin üreten Clostridium türlerinin arttığı saptanmaktadır. Otizmli çocuklarda , normal nörolojik gelişimi olan kontrol grubuna göre daha fazla miktarda Clostridium türleri izole edilmektedir. Ancak Clostridium türlerinin fazlalığının otizm başlangıcı ve gelişiminde nasıl rol aldığı henüz tam anlaşılamamıştır. Otizmli çocukların dışkılarında Clostridium türlerinin toksin üreten türleri saptandığında uygun probiyotik kullanılması önerilmektedir (7,15).

6. Alzheimer Hastalığı

Yeni bir çalışmada Alzheimer hastalarının intestinal mikrofloralarında F. prausnitzii miktarının %100 oranında azaldığı gösterilmiştir (n=52). Ayrıca bu hastaların dışkılarının %87.5’inde kalprotektin, antitripsin gibi inflamasyon indikatörlerinin arttığı saptanmıştır. hsCRP değerleri bu hastaların %91′ inde yüksektir. Bu veriler vücutta sistemik bir inflamasyon varlığını göstermekte, F. prausnitzii miktarındaki azalmanın, bu inflamasyonun nedeni olabileceği öne sürülmektedir (16). Sonuç olarak, kişisel bağırsak mikrobiyotasının belirlenmesi ile kişiye özel tavsiye ve tedavi yaklaşımları mümkün olmaktadır.

Kaynaklar:

  1. Turnbaugh, P.J.; Ley, R.E.; Hamady, M.;Fraser-Liggett,C.M.; Knight, R.; Gordon,J.I. (2007). “The Human Microbiome Project”. Nature 449: 804-81O.
  2. Bull M.J., Plummer N.T.. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. in: lntegrative Medicine: A Clinician’s Journal 13(6), S. 17-22, 2014
  3. Jandhyala, S. M. et al: Role of the normal gut microbiota. in: World J Gastroenterol 21(29), S.8787-8803,2015
  4. Miquel, S. et al.: Faecalibacterium prausnitzii and human intestinal health. in: Curr Opin Microbiol. 16(3), S. 255-261, 2013
  5. Everard A., et al.: Cross-talk between Akkermansia muciniphila and intestinal epithelium controls diet-induced obesity. in: PNAS 110(22), S. 9066-9071, 2013
  6. Ramezani, A. et al.: The Gut Microbiome, Kidney Disease, and Targeted lnterventions. in: JASN 25(4), S. 657-670, 2014
  7. Song, Y. et al.: Real-Time PCR Quantitation of Clostridia in Feces of Autistic Children . in: AEM 70, S.6459-6465,2004
  8. The NIH HMP Working Group et al.: The NIH Human Microbiome Project. in: Genome Res. 19, S. 2317-2323, 2009.
  9. Kasai et al. Comparison ofthe gut microbiota composition between obese and non-obese individuals in a Japanese population, as analyzed by terminal restriction fragment length polymorphism and next-generation sequencing BMC Gastroenterology (2015) 15:100 DOI10.1186/sl 2876-015-0330-2
  10. Everard, A. et al.: Cross-Talk between Akkermansia muciniphila and lntestinal Epithelium Controls Diet-lnduced Obesity. in: PNAS 110(22), S. 9066-9071, 2013
  11. Deshpande, N. P. et al.: Comparative genomics of Campylobacter concisus isolates reveals genetic diversity and provides insights into disease association. in: BMC Genomics 14, 585, 2013
  12. Michielan, A. et al.: lntestinal Permeability in lnflammatory Bowel Disease: Pathogenesis, Clinical Evaluation, and Therapy of Leaky Gut. in: Mediators of lnflammation, 2015, 628157
  13. Nava G.M. et al.: Abundance and diversity of mucosa-associated hydrogenotrophic microbes in the healthy human colon. in: The iSME Journal 6(1), S. 57-70, 2012
  14. Seher, J. U. et al.: Expansion of intestinal Prevotella copri correlates with enhanced susceptibility to arthritis. in: elife, 2, e0l 202, 2013
  15. Smith, P.A.: Brain, meet gut. in: Nature 526, S. 312-314, 2015
  16. Leblhuber, F. et al.: Elevated fecal calprotectin in patients with Alzheimer’s dementia indicates leaky gut. J Neural Transm (Vienna) 122(9) S. 1319-1322, 2015
  17. Mandal, S. et al.: Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. in: MEHD 26, S. 27663-27670, 2015

Farmakogenetik DNA Paneli 23.01.2019

İlaç seçimi, ilaç dozu, etkileşimi ve yan etki değerlendirmesinde, kişiye özel tedavi kararınızda genetik desteğiniz.

İlaçların istenilen etkinliği göstermemesi ve ilaca bağlı yan etkilerin en önemli nedeni, kullanılan ilaçların hastanın genetik yapısına uygun olmamasıdır.

İlaçların metabolizması kişiden kişiye farklılık göstermektedir. Bu durum ilaçların metabolizma yolağındaki enzimlerin, her kişide farklı genetik yapılarla düzenlenmiş olmasına bağlıdır. Aynı etken madde farklı kişilerde yavaş, hızlı veya normal metabolize edilmesine göre az, çok veya normal etkinlik göstererek her bireyde farklı tedavi sonuçlarına ve yan etkilere yol açar.

Uygulanan tüm ilaç tedavilerinde, vakaların % 40-70’inde ilaçlar yeteri kadar etkili olamamakta ve hastaların %7-10’unda ilaçların yan etkileriyle karşılaşılmaktadır. Her yıl ABD’de ilaçlara bağlı en az 2,2 milyon yan etki vakası oluşmakta ve bunların 100.000’den fazlası ölümle sonuçlanmaktadır. Bir ilacın hangi hastada etki veya yan etki oluşturacağını gösteren Farmakogenetik testlerin kullanımı yan etki vakalarını ve bunlara bağlı kayıpları azaltmaktadır.

Farmakogenetik testler bir hastanın ilaç tedavisine vereceği yanıt, toksisite ve ilaç etkileşimlerini belirlemek için yapılan DNA analizleridir. Kişiye özel tedavi uygulamasına olanak sağlar.

Amerika Birleşik Devletleri’nde sağlık otoritesi FDA  ve Avrupa’da EMA  en sık kullanılan yüzlerce ilacın prospektüsünde  Farmakogenetik bilgi  ve özel uyarılar bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu ilaçlarla tedaviye başlanırken kişinin genotipine özel doz ayarlaması, klinik yanıt varyasyonları ve  yan etki risklerinin belirlenebilmesi  için Farmakogenetik  test yapılması istenmektedir.

FARMAKOGENETİK DNA PANELİ,  Avrupa Farmakogenetik Derneği Başkanı Prof. Dr. Ron van Schaik  tarafından Rotterdam’da Erasmus Üniversitesi’nde kurulan  laboratuvarda yapılmaktadır.  

FARMAKOGENETİK DNA PANELİ:

• Uygun etken madde seçimi,

• Optimal dozun belirlenmesi,

• İlaç etkileşimlerinin belirlenebilmesi,

• Yan etki olasılıklarının azaltılması

• Tedaviye uyumun artırılması

sağlanarak kişiye özel tedavi planlaması ve uygulaması mümkün olur.

 

Test prosedürü kolay ve hızlıdır.

  1. Ağız içinden epitel örneği alınır. İğne ve kan örneği yoktur.
  2. Alınan örnek özel kitine yerleştirilir.
  3. Güvenlik barkodları ile korumaya alınır ve uygun şartlarda laboratuvara iletilir.
  4. Genetik konsültasyon içeren sonuç kısa bir sürede gönderilir.

 

 

 

 

 

 

BEKLENEN GÜN GELDİ, İLK DÖNEMİN SON ZİLİ ÇALDI TATİL BAŞLADI! TÜM ÖĞRENCİLERİMİZE KEYİF VE MUTLULUK DOLU TATİLLER DİLERİZ

Biruni Laboratuvarı 444 1 864